最適なバス位置という側面から考えると、PCIバスは「場所によってスピードが違う（マスター接続か否か）」「電源供給の安定度が違う」などの差がある。
つまりは、物理的にどのPCIバスに挿すかも、ハードウェア的な安定性やパフォーマンスに関わるのだ。
ではどのバス位置に各デバイスカードを装着すればよいかという話になるのだが、これは当然ながら手持ちのマザーボードの仕様と、装着したいPCI/PCI Expressデバイスの数と種類によって最適な位置は異なってくる。
しかしながら、基本ルールというのはだいたいどのメーカーも一緒なので、ここで説明しよう。
※ボードを理的にどのPCIバスに挿すかも、ハードウェア的な安定性やパフォーマンスに関わるのだ。
AGP/PCIマシンの場合、大概は「AGPバスとAGP直下のPCIバスはIRQ共有しており、また電気的特性を考えてもよくない」という統計がある。
つまりは「AGP直下のPCIバス」に高性能or相性問題が出やすいデバイスを装着するのは避けるべきである。
また、大概のマザーボードは「上から2番目と3番目のPCIバス」をメイン接続位置と考えており、4番目のPCIバスは他デバイスか他PCIバスとIRQバッティングしていることが多い。
そして5番目のPCIバスだが、これはマザーボードメーカーによって大きく隔たりがある。
「あくまでもオマケ」と考え、マスター接続ではなくあくまでも予備PCIバスと考えているものもあれば、「AGPから一番遠い、ノイズ干渉を避けられる優れたPCIバス」と考え、電源供給やチップセットとの接続を最適化して「強化型PCIバス」と位置づけているものがある。
◎IRQがバッティングしているので避けるべきPCIバス
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AGPバス ビデオカード
PCIバス1 電気的、IRQ的に考えてデバイスを接続したくない
PCIバス2 メインの接続位置
PCIバス3 メインの接続位置
PCIバス4 予備的な要素が大きく、大概PCIバス3と共有している
PCIバス5 マザーボードメーカーによっては強化型PCIで最適接続位置
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※この「AGP直下のPCIバス」と「上から4番目のPCIバス」は、他の「バス」とIRQを共有しているパターンが多い。これは、それ以外のPCIバスがIRQを共有していないという意味ではなく、他のバスもIRQを共有はしているのだが「USBポート」などの比較的負荷が低いポートと共有しているパターンが多いのだ。
マザーボードメーカーの中には、「強化型PCIバス」を装着するものも存在する。
これらの事情を考えると、まず「上から2番目と3番目のPCIバス」にデバイスを接続し、また強化型PCIバスがあるものは、そこに相性問題が起こりやすいサウンドカードかキャプチャーボードを装着するのがよいだろう。
特に強烈な性能のビデオカード（外部電源を必要とするようなビデオカード）を装着しているのなら、ノイズを避けるためにもなるべくビデオカードから離した位置に、PCIデバイスを装着したい。
ちなみにマザーボードによっては、マニュアルでIRQ共有情報を明記しているものもあるので、確認してみるとよいだろう。
なおPCI Express/PCIマシンにおいては、各バスの構成に大きく隔たりがあるので（特にPCI Express×16の数）定義づけるのは難しい。
ただ傾向としては、ほとんどのマザーボードがPCIバスを3つまでしか保有していない関係上、結果的にPCI Express×16から遠く、3番目のPCIバスである「一番下のPCIバス」が安定傾向にある。
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